Beim Gegenlauffräsen schneidet der Fräser in das Material, während sich dieses zum Fräser hin gegen die Schneidrichtung bewegt. Hier wird das Material beim Schnitt stärker gestaucht, wodurch ein ungleichmäßigeres Schnittbild entstehen kann. Auch sogenannte Rattermarken können durch schnelle Lastenwechsel, wodurch das Fräswerkzeug in Schwingungen geraten kann, entstehen. Der Unterschied besteht durch die Gegen- oder Gleichläufigkeit der Fräs- und Vorschubrichtung.